Vologda xuddi shu nomdagi daryoning o'ng qirg'og'ida joylashgan, bu shaharni Suxona va Sheksna daryolari havzalari orqali Arxangelsk bilan bog'laydigan qadimiy suv yo'li.
Tarixiy manbalarda birinchi marta shahar XII asrda tilga olingan. XV asrda Vologda Velikiy Novgorod tomonidan boshqarilgan. 1462 yildan boshlab yigirma yil davomida Vologda knyazlik knyazligining markazi edi, lekin 1481 yildan Moskva knyazligi hukmronligi ostiga o'tdi, uning hukmdori o'sha paytda Ivan III edi.
1565 yilda Ivan Dahshatli Vologda ikkinchi oprichnina qarorgohini qurishga qaror qildi. U bu erda tosh Kreml va qal'a qurmoqchi edi. Minglab hunarmandlar va dehqonlar Vologda shahriga qo'yib yuborilgan, qurilishga ingliz muhandisi X. Lokk boshchilik qilgan. Rejada, Kreml to'rtburchaklar edi. Shimoliy tomonda u Vologda daryosi bilan himoyalangan va har ikki tomondan suv bilan xandaq qazilgan. Ammo 1571 yilda Qrim xoni bosqini va Vologda boshlangan vabo Ivan IVni Moskvaga qaytishga majbur qildi. Podshohning ketishi bilan qurilish to'xtadi.
Jiddiy istehkomlar yo'qligi sababli, Vologda 1612 yilda Polsha-Litva armiyasining bosqinidan katta zarar ko'rdi. Ammo shahar tezda tiklandi va hatto avvalgi hajmidan ham oshib ketdi. 17 -asrning oxiriga kelib, Vologdaning tarixiy markazi to'rt qismdan iborat edi: Shahar, Verxniy Posad, Nijniy Posad va Zarechye. Biroq, 18 -asr boshlarida Sankt -Peterburgning tashkil topishi va Boltiq dengizida savdoning rivojlanishi tufayli Vologdaning iqtisodiy mavqei biroz zaiflashdi.
1708 yilda Vologda Arxangelsk viloyatiga qo'shildi. Ammo allaqachon 1719 yilda shahar Vologda viloyatining markaziga, 1796 yilda - 1929 yilgacha mavjud bo'lgan Vologda viloyatining markaziga aylandi.
XIX asrda shahar ko'plab ziyolilar vakillari uchun siyosiy surgun joyiga aylandi. 1918 yilda Vologda 5 oy davomida Rossiyaning "diplomatik poytaxti" rolini o'ynadi. Brest tinchlik shartnomasi tuzilgandan so'ng, vaqtincha bu erga 11 yirik davlatning elchixonalari va vakolatxonalari ko'chib o'tdi, xususan: AQSh, Buyuk Britaniya, Frantsiya, Yaponiya, Xitoy, Braziliya va boshqalar.
Endi Vologda - ruslar va chet ellik sayyohlar tashrif buyuradigan mashhur sayyohlik markazi.
